轉型正義是指「一個國家由威權或極權政體轉型為民主政體後，對過去各種違反公義情事的追究與矯正。」
台灣自1990 年代邁向民主化之後，過去中國國民黨政府迫害人權、逮捕槍決反對人士的政治案件開始受到重視。二二八事件和白色恐怖政治案的平反就是其重要指標。突破白色恐怖的禁忌才能使台灣民主化邁入坦途；正視往日國民黨政權迫害人權、違反正義的事實，才能撫慰受創的心靈，讓社會大眾共同體認這段悲痛的歷史，而珍惜現今的民主成果。有鑑於此，吳三連台灣史料基金會與台灣歷史學會聯合出版《戒嚴時期白色恐怖與轉型正義論文集》，除追究歷史真相與責任之外，更有結合民間力量再次推動轉型正義的深意。