吳明基1940年出生於南投濁水，台大農化系畢業後，於1964年赴美國威辛康辛大學留學，並旅居巴爾的摩、匹茲堡、邁阿密、達拉斯等地。留學期間開始參與台灣同學會等台灣人社團，台獨思想受到啟蒙，開始積極投入台灣人運動，從同學會、同鄉會、台灣獨立聯盟、台灣人公共事務會都有投入，且曾分別擔任重要職務，也因為從事台灣人運動成為黑名單，在母親過世無法返台奔喪，未能見到至親最後一面，常是戒嚴體制下從事台灣人運動者所共同擁有的淒涼回憶。
除了從事台灣人運動，吳明基於所學專長的生物化學研究方面成績斐然，曾多次在重要期刊中發表研究成果，並獲得美國國家衛生研究院頒發「研究生涯發展獎」的肯定。